세 번째 전도 여행을 끝낼 무렵, 바오로는 해외 교회에서 거두어들인 헌금을 가지고 예루살렘에 갔는데(로마 15,30-31 참조), 예루살렘 모 교회는 헌금을 고맙게 받았고 또 그를 환영하였다.
당시 모 교회를 이끌던 야고보는 바오로에게, 유다계 그리스도인들이 그가 모세율법을 배척한다는 선입견을 가지고 있으니 정결예식에 참여하라고 권하였다.
바오로는 이에 응하여 일정한 기간 동안 정결예식을 행한 뒤 성전에 들어갔다. 그 무렵 아시아에서 온 유대인들이 바오로를 보고 군중을 선동하여 그가 율법과 성전 및 유대인들을 반대하고 이방인들까지 성전으로
데리고 들어갔다고 고발하여 큰 소동이 일어났다.
이에 로마 천인대장은 군대를 보내어 바오로를 체포하였으며, 바오로는 군중에게 자신을 변호하였지만, 군중은 오히려 그를 죽이라고 요구하였다. 백인대장이 소동의 이유를 알기 위해
바오로에게 채찍질을 하려고 하자, 그는 자신이 로마 시민임을 알렸다. 그리하여 천인대장은 그를 결박하지 않고 곧 의회를 소집하였으나 의회에서도 의견이 엇갈려 효과가 없었다.
그런데 유대인들 40여명이 바오로를 죽이려고 음모를 꾸미자, 그는 결국 호위를 받아가며 카이사리아의 펠릭스 총독에게 압송되었다.
바오로는 카이사리아에서 소요를 부추기는 자, 성전 모독죄로 총독에게 고발되어 그곳에서 2년간 감금 상태에 있었다.
총독 페스투스가 유대인들의 환심을 사려고 바울로를 예루살렘으로 보내려 하자 바오로는 로마 시민권을 행사하여 황제에게 상소하자 총독은 이 상소를 거절할 수 없었다.
바오로는 다른 죄수들과 함께 배를 타고 로마로 향하였다.
일행 중에는 테살로니카 출신인 마케도니아 사람 아리스타르코스와 루카도 있었다. 그들은 소아시아의 해안 지방과 크레타 섬을 거쳐 항해하다가 폭풍을 만나 배가 파선되어 몰타 섬에서 석달 동안 지냈다(사도 28,11).
61년 1월 말경에 그들은 시라쿠사 섬에 들렀다가 푸테올리에 닿아 거기서 신자들을 만났다. 그리고 아피아 가도를 따라 61년 봄 로마에 도착하였다. 로마에서(사도 28,16-31)는 경비병의 감시를 받으면서 다른 죄수들과
따로 지낼 수 있는 허락을 받아 손님도 맞이할 수 있었다.
바오로는 어느 정도 자유로운 상태에서 유다인들과 로마인들에게 복음을 전한 것 같다. 로마의 클레멘스가 코린토 교회에 보낸 편지에 의하면 그가 스페인에 가서 선교하였다고 한다(로마 15,24.28).
바오로가 상경하여 성전에서 체포되기까지의 경위는 사도행전 21장 17-36절에 적혀 있다. 아시아 출신 해외 유대인들이 나지르 서원 제사를 바치려고 성전에 온 바오로를 알아보고 민족과 종교의
배신자로 규탄하고 그를 폭행하였다. 다행히 성전 북부에 주둔한 로마 군인들이 구해 목숨을 건질 수 있었으나, 안티파트리스를 거쳐(사도 23,31) 지중해변 카이사리아 총독부 감옥으로 이송되어 미결수로 2년 동안(58~60) 갇힌
몸이 되었다(사도 23,12-24,27). 바오로는 총독의 재판이 불리하게 진행되자 로마시민권을 내세워 황제에게 상소하였다(사도 25, 1-12).
그리하여 바오로는 로마로 압송되었는데, 사도행전 27장 1절 28장 15절에 압송에 관한 기사가 나온다.
60년 가을(사도 27,9) 카이사리아를 떠나, 크레타섬을 거쳐(사도 27,8-12) 항해하다가 파선하여 구사일생으로 몰타섬에 상륙하여 겨울 석 달 동안 그곳에서 지냈다(사도 28,11).
61년 봄 다시 배를 타고 시실리섬을 거쳐 나폴리만에 있는 푸테올리 포구에 닿아 육로로 로마에 도착하였다. 로마에서는 경비병 한 사람의 감시를 받기는 하였지만(사도 28,16) 셋집을 얻어 자유롭게
손님을 맞아들이면서 2년 동안 지냈다(사도 28,30-31).
사도행전의 바오로에 관한 이야기는 여기서 끝난다.
58년 봄 코린토에서 로마서를 쓸 때부터, 바오로는 예루살렘과 로마를 거쳐 스페인에 가서 전도하고 싶다는 말을 하였다(로마 15,24.28).
클레멘스 1세 교황(90/92~101)이 95년경 코린토 교회에 써 보낸 편지(5,1-6,1)를 보면, 바오로가 스페인에 가서 전도한 후에 다시 로마로 와서 순교하였다고 한다.
64년 7월 19일 네로 황제가 로마시에 불을 지르고 나서 여론이 좋지 않자, 그리스도인들을 방화법으로 몰아 4년 동안(64~68) 모질게 박해하였는데, 이 박해 때 바오로와 베드로가 순교하였을 것이다.
테르톨리아노에 따르면 베드로와 바오로는 네로 박해 때 순교하였는데, 베드로는 예수처럼 십자가형을 받았고, 바오로는 세례자 요한처럼 참수령을 당하였다고 한다.
전설에 의하면 바오로는 로마 남문 밖 교외에 있는 지하수가 세 줄기 솟아나는 트레폰타네에서 순교하고, 그 근처 현재의 바오로 대성전 자리에 묻혔다고 한다.
바울로가 언제 죽었느지는 분명치 않지만, 네로 황제가(54-68) 로마 대화재를 빌미 삼아 일으킨 박해 때인 67년경 참수 순교한 것으로 추정하고 있다.
